1、缴费标准不同。一档：是以职工月工资总额的或的标准按月缴费，其中个人只需交，单位交或。二档：是以深圳市上年度在岗职工月平均工资为基数，缴费比较为，其中单位交，个人交。三档：也是以深圳市上年度在岗职工平均工资为基数，缴费比例为，其中单位交，个人交。
2、住院报销待遇。一档和二档：在定点医院发生的医疗费用可按或报销。三档参保人在不同医院就医报销比例不同，在一级医院就医按报销，二级医院按报销，三级医院按报销。
3、普通门诊待遇不同。参加一档的参保人，是有医保个人账户的，其账户余额可用于支付医疗费用，在杜康中心发生的费用由个人账户支付，由统筹基金支付。参加二档、三档的话则没有医保个人支付。若发生甲类药品、乙类药品，门诊统筹可按、报销。发生医保目录单项